付岩-中国科学院大学-UCAS
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研究领域
招生信息
教育背景
工作经历
专利与奖励
出版信息
科研活动
软件开发
基本信息
付岩 博导 研究员电子邮件： yfu(at)amss(dot)ac(dot)cn通信地址： 北京市中关村东路55号邮政编码： 100190
研究领域
生物信息学、生物医学统计、机器学习和数据科学详见个人主页：http://fugroup.amss.ac.cn/People/fuyan/index_ch.htm
招生信息
招收概率统计、计算机、生物信息学或相关方向免试/统考研究生
招生专业
071400-统计学081203-计算机应用技术070103-概率论与数理统计
招生方向
生物与医学统计生物信息与计算生物学机器学习与人工智能
教育背景
2000-09--2006-12 中国科学院计算技术研究所 博士学位
工作经历
2021-04~现在, 中国科学院数学与系统科学研究院, 研究员2011-12~2021-04,中国科学院数学与系统科学研究院, 副研究员2007-01~2011-12,中国科学院计算技术研究所, 助理研究员、副研究员
专利与奖励
奖励信息
（1）&nbspKDD Cup数据挖掘竞赛冠军,&nbsp,&nbsp其他,&nbsp2004（2）&nbsp微软学者,&nbsp其他,&nbsp2004
专利成果
（ 1 ）&nbsp一种基于子集错误率估计的肽鉴定方法,&nbsp发明,&nbsp2015,&nbsp第 1 作者,&nbsp专利号: ZL201310375508.5（ 2 ）&nbsp一种蛋白质翻译后修饰的发现方法,&nbsp发明,&nbsp2012,&nbsp第 1 作者,&nbsp专利号: 200910076588.8（ 3 ）&nbsp谱库的生成方法和串联质谱谱图鉴定方法,&nbsp发明,&nbsp2013,&nbsp第 2 作者,&nbsp专利号: CN201010208640.3（ 4 ）&nbsp一种酶切概率辅助的肽段可检测性预测方法,&nbsp发明,&nbsp2020,&nbsp第 2 作者,&nbsp专利号: 201810901107.1（ 5 ）&nbsp一种蛋白质组学中肽段的肽段定量效率预测方法,&nbsp发明,&nbsp2020,&nbsp第 1 作者,&nbsp专利号: 201810216313.9（ 6 ）&nbsp一种蛋白质无标绝对定量方法,&nbsp发明,&nbsp2020,&nbsp第 2 作者,&nbsp专利号: 201810226692.X（ 7 ）&nbsp一种使用串联质谱数据鉴定肽的方法,&nbsp发明,&nbsp2008,&nbsp第 2 作者,&nbsp专利号: 200410088779.3
出版信息
发表论文
（1） Null-free False Discovery Rate Control Using Decoy Permutations, Acta Mathematicae Applicatae Sinica, English Series, 2022, 通讯作者（2） DeepDigest: Prediction of Protein Proteolytic Digestion with Deep Learning, ANALYTICAL CHEMISTRY, 2021, 通讯作者（3） Transfer posterior error probability estimation for peptide identification, BMC BIOINFORMATICS, 2020, 通讯作者（4） Unambiguous Phosphosite Localization through the Combination of Trypsin and LysargiNase Mirror Spectra in a Large-Scale Phosphoproteome Study, JOURNAL OF PROTEOME RESEARCH, 2020, 通讯作者（5） Large-scale Identification of N-linked Intact Glycopeptides in Human Serum using HILIC Enrichment and Spectral Library Search *, MOLECULAR & CELLULAR PROTEOMICS, 2020, 通讯作者（6） GenTree, an integrated resource for analyzing the evolution and function of primate-specific coding genes, GENOME RESEARCH, 2019, 第11作者（7） Lfaq: toward unbiased label-free absolute protein quantification by predicting peptide quantitative factors, ANALYTICAL CHEMISTRY, 2019, 通讯作者（8） Ptminer: localization and quality control of protein modifications detected in an open search and its application to comprehensive post-translational modification characterization in human proteome, MOLECULAR & CELLULAR PROTEOMICS, 2019, 通讯作者（9） AP3: An Advanced Proteotypic Peptide Predictor for Targeted Proteomics by Incorporating Peptide Digestibility, ANALYTICAL CHEMISTRY, 2019, 通讯作者（10） Quality control of single amino acid variations detected by tandem mass spectrometry, JOURNAL OF PROTEOMICS, 2018, 通讯作者（11） N-Linked Glycopeptide Identification Based on Open Mass Spectral Library Search, BIOMED RESEARCH INTERNATIONAL, 2018, 通讯作者（12） 基于质谱的蛋白质修饰定位算法, 生命的化学, 2017, 第 2 作者（13） 中药整合药理学计算平台的开发与应用, 中国中药杂志, 2017, 第 3 作者（14） Data Analysis Strategies for Protein Modification Identification, Methods in Molecular Biology, 2016, 第 1 作者（15） 基于分子指纹的中药分子作用网络分析系统的研究与实现, 科研信息化技术与应用, 2016, 第 3 作者（16） A note on the false discovery rate of novel peptides in proteogenomics, BIOINFORMATICS, 2015, 通讯作者（17） 支持向量机法优化复方威灵仙喷雾剂的水提工艺研究, Optimization of extraction process of compound Clematidis Radix spray by support vector machine, 中国中药杂志, 2015, 第 4 作者（18） Mapping native disulfide bonds at a proteome scale, NATURE METHODS, 2015, 第 10 作者（19） pQuant Improves Quantitation by Keeping out Interfering Signals and Evaluating the Accuracy of Calculated Ratios, ANALYTICAL CHEMISTRY, 2014, 第 4 作者（20） Transferred Subgroup False Discovery Rate for Rare Post-translational Modifications Detected by Mass Spectrometry, MOLECULAR & CELLULAR PROTEOMICS, 2014, 第 1 作者（21） Kernel Methods and Applications in Bioinformatics, Handbook of Bio-/Neuro-Informatic, 2013, 第 1 作者（22） Bayesian false discovery rates for post-translational modification proteomics, STATISTICS AND ITS INTERFACE, 2012, 第 1 作者（23） DeltAMT: A Statistical Algorithm for Fast Detection of Protein Modifications From LC-MS/MS Data, MOLECULAR & CELLULAR PROTEOMICS, 2011, 第 1 作者（24） Query-Adaptive Ranking with Support Vector Machines for Protein Homology Prediction, BIOINFORMATICS RESEARCH AND APPLICATIONS, 2011, 第 1 作者（25） Open ms/ms spectral library search to identify unanticipated post-translational modifications and increase spectral identification rate, BIOINFORMATICS, 2010, 通讯作者（26） Efficient discovery of abundant post-translational modifications and spectral pairs using peptide mass and retention time differences, BMC BIOINFORMATICS, 2009, 第 1 作者（27） A Strategy for Precise and Large Scale Identification of Core Fucosylated Glycoproteins, MOLECULAR & CELLULAR PROTEOMICS, 2009, 第 3 作者（28） Mining tandem mass spectral data to develop a more accurate mass error model for peptide identification, PACIFIC SYMPOSIUM ON BIOCOMPUTING 2007, 2007, 第 1 作者（29） Exploiting the kernel trick to correlate fragment ions for peptide identification via tandem mass spectrometry, BIOINFORMATICS, 2004, 第 1 作者（30） A Block-Based Support Vector Machine Approach to the Protein Homology Prediction Task in KDD Cup 2004, SIGKDD Explorations, 2004, 第 1 作者
科研活动
科研项目
（ 1 ）&nbsp蛋白质组信息学关键技术及分析系统研发, 参与, 国家任务, 2014-04--2018-04（ 2 ）&nbsp基于质谱数据的非限制性翻译后修饰检测算法研究, 负责人, 国家任务, 2010-01--2012-12（ 3 ）&nbsp基于质谱数据的大规模蛋白质鉴定算法与软件研究, 负责人, 国家任务, 2007-06--2010-11（ 4 ）&nbsp非完整、异构材料数据关联统计分析与挖掘技术, 参与, 国家任务, 2018-07--2022-06（ 5 ）&nbsp质谱和序列多源信息的翻译后修饰位点精确测定研究, 负责人, 国家任务, 2021-01--2024-12（ 6 ）&nbsp基于信息技术的蛋白质组研究, 参与, 国家任务, 2002-12--2008-08（ 7 ）&nbsp高通量生物大数据测量的数学模型和算法, 参与, 中国科学院计划, 2014-07--2018-12
软件开发
pFind: 基于串联质谱数据的肽和蛋白质鉴定软件pMatch: 用于蛋白质修饰鉴定的开放式质谱库搜索软件pCluster: 用于翻译后修饰检测的质谱数据聚类软件pMatchGlyco: 基于谱库搜索的Ｎ糖鉴定软件PTMiner: 蛋白质修饰位点定位和质控软件SAVControl: 氨基酸突变质量控制软件LFAQ: 肽段定量效率预测和无偏非标蛋白质定量软件AP3: 肽段可检测性预测软件DeepDigest: 肽段酶切概率预测软件TransferFDR/PEP: 肽鉴定的迁移FDR/fdr估计软件TDFDR: 基于target-decoy竞争的多重假设检验FDR控制方法
2013 中国科学院大学，网络信息中心.